V České republice je divize Nespresso aktivní od roku 2006 a provozuje i boutique a bar v Pařížské ulici v Praze.
V roce 1992 se společnost Nestlé stala jedním z prvních a nejvýznamnějších zahraničních investorů na území ČR i SR. Společnost Nestlé založila distribuční společnost Nestlé Food, s.r.o v Praze. Tato společnost vybudovala obchodní síť, která domácímu trhu opět nabídla tradiční značky jako rozpustnou kávu NESCAFÉ, kojeneckou výživu Nestlé či kulinářské výrobky MAGGI.
Nestlé se stala jedním ze strategických partnerů při privatizaci a.s. Čokoládovny. Tento krok jí umožnil navázat na dlouhou domácí tradici výroby čokolády a cukrovinek vybudováním silných značek jakými jsou například ORION, DELI, GRANKO, BON-PARI, JOJO nebo HAŠLERKY. Zároveň rozsáhlý investiční program vytvořil dobré podmínky pro konkurenceschopnost domácí produkce z hlediska kvality i ceny.
Rozdělení akciové společnosti Čokoládovny vznikla k 1.1.1999 následnická společnost Nestlé Čokoládovny, a.s. Tato společnost převzala výrobu čokolády a cukrovinek a soustředila jí do závodů Zora v Olomouci a Sfinx v Holešově u Kroměříže. Olomoucká čokoládovna se tak stala nejvýznamnějším výrobcem ve své kategorii a to především díky širokému portfoliu výrobků ORION.
Od začátku roku 1999 začaly být veškeré aktivity Nestlé v ČR a SR koordinovány jedním vedením. Od tohoto roku také sídlí ředitelství Nestlé v areálu v Praze - Modřanech. Ke dni 1.10.2001 se spojily společnosti Nestlé Food a Nestlé Čokoládovny na českém trhu do společnosti Nestlé Česko, s.r.o. Ke stejnému datu byla slovenská společnost přejmenována na Nestlé Slovensko s.r.o.
V roce 2003 se portfolio rozšířilo o zmrzliny v důsledku akvizice společnosti Schöller (nyní Nestlé zmrzlina), která je jednou z divizí společnosti Nestlé.